En noviembre de 2007, el Estado Nacional y la Ciudad de Buenos Aires firmaron un acta acuerdo en el que se creó el Ente Público Espacio para la Memoria y Promoción de los Derechos Humanos, con la misión de definir y ejecutar las políticas de Memoria de la ESMA y refuncionalización del predio. Según lo determina el convenio, ratificado por la ley nacional 26415 en septiembre de 2008, el Ente cuenta con un representante del Estado Nacional, un representante del gobierno de la Ciudad de Buenos Aires y representantes de los organismos de derechos humanos.
La creación del Ente se da dentro de un proceso iniciado el 24 de marzo de 2004 con la firma de un acuerdo entre el Estado Nacional y la Ciudad de Buenos Aires para el establecimiento de un Espacio para la Memoria y Promoción y Defensa de los Derechos Humanos en el predio de la ESMA y la creación de una Comisión Bipartita con representantes de las Secretarías de Derechos Humanos de ambas jurisdicciones.
Madres de Plaza de Mayo Línea Fundadora acompañó todo este proceso desde los comienzos, cuenta con representación en el Ente y cuenta con el edificio Casa de Nuestros Hijos, la Vida y la Esperanza dentro del predio de la ex ESMA.