La Comisión de Pueblos Indios, también nombrada como Subcomisión de Asuntos Indios (en 1984) y Comisión de Pueblos Indios (en 1996), se organizó en 1984. En sus comienzos fue una subcomisión dentro de la Comisión de Cultura y funcionó por períodos irregulares. El pastor Aldo Etchegoyen se hizo cargo de esa comisión y gran parte de su documentación fue resguardada por él. En 1996, Hugo O. Ortega era su secretario. Impulsaba leyes vinculadas a la protección de los derechos indígenas, realizaba jornadas de reflexión, promovía materiales informativos, mantenía contactos con representantes e intentaba incidir en los legisladores y ministros para desarrollar una activa política hacia los pueblos indígenas. Su objetivo fundamental era la promoción y defensa de los derechos de los pueblos originarios, así como el apoyo a pequeñas actividades de desarrollo (micro-emprendimientos) tendientes a la subsistencia de poblaciones muy marginadas. En 1992 estaba también integrada por Carlos Guanuco, Rogelio Guanuco, Isabel Condorí, Lorenzo Cejas Pincén e Hilario Wynarczyk. Actualmente es la Secretaría de Pueblos Originarios.