La APDH tiene como órgano máximo al Consejo de Presidencia, cuerpo colegiado integrado por personalidades de las iglesias, la política, la cultura, el derecho, las ciencias, la cultura y el trabajo. Se reúne anualmente y es quién examina los informes de la secretaría. La Mesa Directiva está integrada por miembros del Consejo de Presidencia. Es la encargada de examinar los informes de las Secretarías o Comisiones y de establecer las acciones a desarrollar en cumplimiento con las líneas fijadas por el Consejo de Presidencia. La Comisión o Mesa Ejecutiva está integrada por los miembros de la Mesa Directiva, ejecuta la labor establecida por la Mesa Directiva e informa a ésta sobre el desarrollo de los acontecimientos. La Secretaría se encarga de la gestión cotidiana de las actividades de la organización (trámites administrativos, recepción de comunicaciones, entre otras).