Desde 1978 existía una Comisión Especial para el tratamiento y la gestión de la situación de los detenidos. Una monja de nombre Pilar estaba dedicada exclusivamente al tema de presos políticos. En la comisión también participaba Moises Cherñiavsky. Atendían a los familiares y sistematizaban la información relativa al tema. No tenía contacto directo con los presos. La comisión (o por lo menos un equipo dedicado al trato carcelario) estaba integrada también por miembros de la Liga Argentina por los Derechos del Hombre (LADH) y el Movimiento Ecuménico por los Derechos Humanos (MEDH). La APDH, a través de la información que brindaba esta comisión, reclamaba al gobierno militar el cumplimiento de las normas referidas a la detención, el proceso y establecimientos carcelarios, el mejoramiento de la situación carcelaria y la posibilidad de contar con asesoramiento profesional. 

La Comisión tomaba testimonios, asesoraba sobre los pedidos de opción de salida del país, realizaba estadísticas, preparaba informes y analizaba legislación afín. Es probable que la Comisión N° 1, la Comisión de Vigencia y la Comisión responsable de analizar la situación carcelaria haya sido la misma entidad.